Rokuro Okajima, jeune employé d'une grande entreprise, voyage sur les mers d'Asie du Sud-Est pour livrer un disque contenant des données secrètes. Mais son bateau est un jour abordé par une bande de pirates des temps modernes désireux d'obtenir le fameux disque. Pris en otage sur leur bateau, le Black Lagoon, il finira par faire partie de l'équipage contre son gré...
